Tuščius šiltnamius geriausia dezinfekuoti sieros garais (1 m3 šiltnamio tūrio sudeginama 5 – 10 g sieros). Dirbant reikia žiūrėti, kad garų nepatektų į greta esančius šiltnamius, kuriuose auga augalai. Nuo sieros dioksido, kuris pasigamina degant sierai, žūva voratinklinės enkutės, tikrosios, miltligės, sklerotinių puvinių, kekerinio puvinio sukėlėjai bei kiti parazitai, tačiau jis neveikia dirvoje gyvenančių kenkėjų. Tuščius šiltnamius galima dezinfekuoti formaldehidu ( tech. produktas formalinas). Juo taip pat dezinfekuojamos pikavimo dėžės, darbo įrankiai, vazonai, stelažai (naudojamas 2% formalinas). Šiltnamio sienos, stalai, indai, iš kurių laistoma, plaunami 1% formalinu. Su formalinu reikia dirbti labai atsargiai – būtini dujokaukės, respiratoriai bei apsauginiai akiniai. Tarą, darbo įrankius galima dezinfekuoti 1% kalio permanganatu arba 3 – 5% vario sulfato tirpalu.
